SHsearch. A Method for Fast Remote Homology Detection
Idioma: inglés
Editorial: GRIN Verlag, 2017
- Tapa blanda
- Nuevo
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Druck auf Anfrage Neuware - Printed after ordering - Master's Thesis from the year 2014 in the subject Mathematics - Statistics, grade: 3.8, , language: English, abstract: Remote homology detection is the problem of detecting homology in cases of low sequence similarity. It is a hard computational problem with no approach that works well in all cases. Methods based on profile hidden Markov models (HMM) often exhibit relatively higher sensitivity for detecting remote homologies than commonly used approaches. However, calculating similarity scores in profile HMM methods is computationally intensive as they use dynamic programming algorithms. In this paper, we introduce SHsearch: a new method for remote protein homology detection. Our method is implemented as a modification of HHsearch: a remote protein homology detection method based on comparing two profile HMMs. The motivation for modification was to reduce the run time of HHsearch significantly with minimal sensitivity loss. SHsearch focuses on comparing the important submodels of the query and database HMMs instead of comparing the complete models. Hence, SHsearch achieves a significant speedup over HHsearch with minimal loss in sensitivity. On S C O P 1.63, SHsearch achieved 88x speedup with 8.2% loss in sensitivity with respect to HHsearch at an error rate of 10%, which is deemed to be an acceptable tradeoff.…
N° de ref. del artículo 9783668534490
- Título
- SHsearch. A Method for Fast Remote Homology Detection
- Autor
- Noha Yousri
- Editorial
- GRIN Verlag
- Año de publicación
- 2017
- Estado
- Neu
- Encuadernación
- Taschenbuch
- Idioma
- inglés
- ISBN 10
- 3668534497
- ISBN 13
- 9783668534490
- Peso del artículo
- 113 gramos
- Dimensiones
- 297x210x3 mm
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Información sobre el derecho de desistimiento
Derecho legal de desistimiento
Tiene derecho a rescindir este contrato en un plazo de 14 días sin dar ningún motivo.
El periodo de desistimiento vencerá a los 14 días desde que usted, o un tercero que no sea el transportista e indicado por usted, adquiera la posesión física del último bien o del último lote o pieza.
Para ejercer el derecho de desistimiento, complete de forma electrónica y envíe una declaración clara en nuestro sitio web, desde "Mis compras" en "Mi cuenta". Le enviaremos sin demora un acuse de recibo de dicho desistimiento a través de un soporte duradero (por ejemplo, por correo electrónico).
Para cumplir con el plazo de desistimiento, basta con que envíe su comunicación relativa al ejercicio del derecho de desistimiento antes de que venza el periodo de desistimiento.
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Si rescinde este contrato, le reembolsaremos todos los pagos que hayamos recibido de usted, incluidos los gastos de envío (excepto los gastos adicionales que surjan si elige un tipo de envío que no sea el tipo de envío estándar más económico que ofrecemos).
Podemos hacer una deducción del reembolso por la pérdida de valor de cualquier bien suministrado, si la pérdida es el resultado de una manipulación innecesaria por su parte.
Efectuaremos el reembolso sin demoras indebidas y, a más tardar, 14 días después de que se nos informe de su decisión de rescindir este contrato.
Efectuaremos el reembolso utilizando el mismo medio de pago que utilizó para la transacción inicial, a menos que haya acordado expresamente lo contrario; en cualquier caso, no incurrirá en ningún cargo como resultado de dicho reembolso.
Podremos retener el reembolso hasta que hayamos recibido los bienes o hasta que nos haya presentado una prueba de que los ha devuelto, lo que ocurra primero.
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