R Bioinformatics Cookbook
Idioma: inglés
Editorial: Packt Publishing Limited, GB, 2019
- Tapa blanda
- Nuevo
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N° de ref. del artículo LU-9781789950694
- Título
- R Bioinformatics Cookbook
- Autor
- Dan MacLean
- Editorial
- Packt Publishing Limited, GB
- Año de publicación
- 2019
- Estado
- New
- Encuadernación
- Paperback
- Idioma
- inglés
- ISBN 10
- 1789950694
- ISBN 13
- 9781789950694
Over 60 recipes to model and handle real-life biological data using modern libraries from the R ecosystem
Key Features
- Apply modern R packages to handle biological data using real-world examples
- Represent biological data with advanced visualizations suitable for research and publications
- Handle real-world problems in bioinformatics such as next-generation sequencing, metagenomics, and automating analyses
Book Description
Handling biological data effectively requires an in-depth knowledge of machine learning techniques and computational skills, along with an understanding of how to use tools such as edgeR and DESeq. With the R Bioinformatics Cookbook, you'll explore all this and more, tackling common and not-so-common challenges in the bioinformatics domain using real-world examples.
This book will use a recipe-based approach to show you how to perform practical research and analysis in computational biology with R. You will learn how to effectively analyze your data with the latest tools in Bioconductor, ggplot, and tidyverse. The book will guide you through the essential tools in Bioconductor to help you understand and carry out protocols in RNAseq, phylogenetics, genomics, and sequence analysis. As you progress, you will get up to speed with how machine learning techniques can be used in the bioinformatics domain. You will gradually develop key computational skills such as creating reusable workflows in R Markdown and packages for code reuse.
By the end of this book, you'll have gained a solid understanding of the most important and widely used techniques in bioinformatic analysis and the tools you need to work with real biological data.
What you will learn
- Employ Bioconductor to determine differential expressions in RNAseq data
- Run SAMtools and develop pipelines to find single nucleotide polymorphisms (SNPs) and Indels
- Use ggplot to create and annotate a range of visualizations
- Query external databases with Ensembl to find functional genomics information
- Execute large-scale multiple sequence alignment with DECIPHER to perform comparative genomics
- Use d3.js and Plotly to create dynamic and interactive web graphics
- Use k-nearest neighbors, support vector machines and random forests to find groups and classify data
Who this book is for
This book is for bioinformaticians, data analysts, researchers, and R developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems by learning through a recipe-based approach. Working knowledge of R programming language and basic knowledge of bioinformatics are prerequisites.
Table of Contents
- Performing Quantitative RNAseq
- Finding Genetic Variants With Next-Generation Sequence Data
- Analyzing Gene and Protein Sequence For Domains and Motifs
- Phylogenetic Analysis and Visualisation
- Metagenomics
- Proteomics from Spectrum to Annotation
- Producing Publication and Web-Ready Visualizations
- Working with Databases and Remote Data Sources
- Useful Statistical and Machine Learning Methods in Bioinformatics
- Programming and Analysis with Tidyverse
- Building reusable workflows with packages and objects for code re-use
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Información sobre el derecho de desistimiento
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Tiene derecho a rescindir este contrato en un plazo de 14 días sin dar ningún motivo.
El periodo de desistimiento vencerá a los 14 días desde que usted, o un tercero que no sea el transportista e indicado por usted, adquiera la posesión física del último bien o del último lote o pieza.
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Para cumplir con el plazo de desistimiento, basta con que envíe su comunicación relativa al ejercicio del derecho de desistimiento antes de que venza el periodo de desistimiento.
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Podemos hacer una deducción del reembolso por la pérdida de valor de cualquier bien suministrado, si la pérdida es el resultado de una manipulación innecesaria por su parte.
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Podremos retener el reembolso hasta que hayamos recibido los bienes o hasta que nos haya presentado una prueba de que los ha devuelto, lo que ocurra primero.
Deberá devolver los bienes o entregarlos a Rarewaves.com UK, London, London, United Kingdom, sin demoras indebidas y, en cualquier caso, en un plazo máximo de 14 días a partir del día en que nos comunique su desistimiento del presente contrato. El plazo se cumple si devuelve la mercancía antes de que venza el periodo de 14 días. Tendrá que asumir los gastos directos de devolución de los bienes. Usted solo es responsable de la disminución del valor de los bienes como resultado de una manipulación distinta a la necesaria para establecer la naturaleza, las características y el funcionamiento de los bienes.
Excepciones al derecho de desistimiento
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