An introduction to the quantitative modeling of biological processes, presenting modeling approaches, methodology, practical algorithms, software tools, and examples of current research.

The quantitative modeling of biological processes promises to expand biological research from a science of observation and discovery to one of rigorous prediction and quantitative analysis. The rapidly growing field of quantitative biology seeks to use biology's emerging technological and computational capabilities to model biological processes. This textbook offers an introduction to the theory, methods, and tools of quantitative biology.

The book first introduces the foundations of biological modeling, focusing on some of the most widely used formalisms. It then presents essential methodology for model-guided analyses of biological data, covering such methods as network reconstruction, uncertainty quantification, and experimental design; practical algorithms and software packages for modeling biological systems; and specific examples of current quantitative biology research and related specialized methods. Most chapters offer problems, progressing from simple to complex, that test the reader's mastery of such key techniques as deterministic and stochastic simulations and data analysis. Many chapters include snippets of code that can be used to recreate analyses and generate figures related to the text. Examples are presented in the three popular computing languages: Matlab, R, and Python. A variety of online resources supplement the the text.

The editors are long-time organizers of the Annual q-bio Summer School, which was founded in 2007. Through the school, the editors have helped to train more than 400 visiting students in Los Alamos, NM, Santa Fe, NM, San Diego, CA, Albuquerque, NM, and Fort Collins, CO. This book is inspired by the school's curricula, and most of the contributors have participated in the school as students, lecturers, or both.

Contributors
John H. Abel, Roberto Bertolusso, Daniela Besozzi, Michael L. Blinov, Clive G. Bowsher, Fiona A. Chandra, Paolo Cazzaniga, Bryan C. Daniels, Bernie J. Daigle, Jr., Maciej Dobrzynski, Jonathan P. Doye, Brian Drawert, Sean Fancer, Gareth W. Fearnley, Dirk Fey, Zachary Fox, Ramon Grima, Andreas Hellander, Stefan Hellander, David Hofmann, Damian Hernandez, William S. Hlavacek, Jianjun Huang, Tomasz Jetka, Dongya Jia, Mohit Kumar Jolly, Boris N. Kholodenko, Markek Kimmel, Michał Komorowski, Ganhui Lan, Heeseob Lee, Herbert Levine, Leslie M Loew, Jason G. Lomnitz, Ard A. Louis, Grant Lythe, Carmen Molina-Par�s, Ion I. Moraru, Andrew Mugler, Brian Munsky, Joe Natale, Ilya Nemenman, Karol Nienałtowski, Marco S. Nobile, Maria Nowicka, Sarah Olson, Alan S. Perelson, Linda R. Petzold, Sreenivasan Ponnambalam, Arya Pourzanjani, Ruy M. Ribeiro, William Raymond, William Raymond, Herbert M. Sauro, Michael A. Savageau, Abhyudai Singh, James C. Schaff, Boris M. Slepchenko, Thomas R. Sokolowski, Petr Šulc, Andrea Tangherloni, Pieter Rein ten Wolde, Philipp Thomas, Karen Tkach Tuzman, Lev S. Tsimring, Dan Vasilescu, Margaritis Voliotis, Lisa Weber

Acerca del autor

Brian Munsky is Assistant Professor in the Department of Chemical and Biological Engineering and the School of Biomedical Engineering at Colorado State University.

William S. Hlavacek is a Scientist in the Theoretical Biology and Biophysics Group at Los Alamos National Laboratory.

Lev S. Tsimring is a Research Scientist and Associate Director of the BioCircuits Institute at the University of California, San Diego.

Brian Munsky is Assistant Professor in the Department of Chemical and Biological Engineering and the School of Biomedical Engineering at Colorado State University.

Terrence J. Sejnowski holds the Francis Crick Chair at the Salk Institute for Biological Studies and is a Distinguished Professor at the University of California, San Diego. He was a member of the advisory committee for the Obama administration's BRAIN initiative and is President of the Neural Information Processing (NIPS) Foundation. He is the author of The Deep Learning Revolution (MIT Press) and other books.

Brian Munsky is Assistant Professor in the Department of Chemical and Biological Engineering and the School of Biomedical Engineering at Colorado State University.

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Tienes derecho a desistir del presente contrato en un plazo de 14 d�as naturales sin necesidad de justificaci�n.

El plazo de desistimiento expirar� a los 14 d�as naturales del d�a en que t� o un tercero que hayas indicado, distinto del transportista, adquiera la posesi�n material del �ltimo bien, componente o pieza.

Para ejercer el derecho de desistimiento, deber�s notificarnos a Book Dispensary, 66 Elderbrook Cres., L4K 5M5, Vaughan, Ontario, Canada, +1 416-347-7231, de tu decisi�n de desistir del contrato a trav�s de una declaraci�n inequ�voca (por ejemplo, una carta enviada por correo postal, fax o correo electr�nico). Podr�s utilizar el modelo de formulario de desistimiento que figura a continuaci�n, aunque su uso no es obligatorio. Tienes asimismo la opci�n de cumplimentar y enviar electr�nicamente el modelo de formulario de desistimiento o cualquier otra declaraci�n inequ�voca a trav�s de nuestro sitio web a "Mis pedidos" en "Mi cuenta". Si recurres a esta opci�n, te comunicaremos sin demora en un soporte duradero (por ejemplo, por correo electr�nico) la recepci�n de dicho desistimiento.

Para cumplir el plazo de desistimiento, basta con que la comunicaci�n relativa al ejercicio por tu parte de este derecho sea enviada antes de que venza el plazo correspondiente.

Consecuencias del desistimiento:

En caso de desistimiento por tu parte, te devolveremos todos los pagos recibidos de ti, incluidos los gastos de entrega (con la excepci�n de los gastos adicionales resultantes de la elecci�n por tu parte de una modalidad de entrega diferente a la modalidad menos costosa de entrega ordinaria que ofrezcamos) sin ninguna demora indebida y, en todo caso, a m�s tardar 14 d�as naturales a partir de la fecha en la que se nos informes de tu decisi�n de desistir del presente contrato. Procederemos a efectuar dicho reembolso utilizando el mismo medio de pago empleado por ti para la transacci�n inicial, a no ser que hayas dispuesto expresamente lo contrario; en todo caso, no incurrir�s en ning�n gasto como consecuencia del reembolso.

Podremos retenerte el reembolso hasta haber recibido los bienes, o hasta que hayas presentado una prueba de la devoluci�n de los mismos, seg�n qu� condici�n se cumpla primero. Deber�s devolvernos o entregarnos directamente los bienes a Book Dispensary, 66 Elderbrook Cres., L4K 5M5, Vaughan, Ontario, Canada, +1 416-347-7231, sin ninguna demora indebida y, en cualquier caso, a m�s tardar en el plazo de 14 d�as naturales a partir de la fecha en que nos comuniques tu decisi�n de desistimiento del contrato. Se considerar� cumplido el plazo si efect�as la devoluci�n de los bienes antes de que haya concluido dicho plazo. Deber�s asumir el coste directo de devoluci�n de los bienes. Solo ser�s responsable de la disminuci�n de valor de los bienes resultante de una manipulaci�n distinta a la necesaria para establecer la naturaleza, las caracter�sticas y el funcionamiento de los bienes.

Excepciones al derecho de desistimiento:

La entrega de peri�dicos, publicaciones especializadas o revistas con la excepci�n de contratos de suscripci�n; y
La entrega de contenido digital (incluyendo apps, MP3, etc.) que no hubiera sido entregado en un medio tangible (por ejemplo: CD o DVD), si al realizar tu pedido has aceptado que podemos proceder al env�o del producto y que no resulta posible su cancelaci�n una vez comienza la entrega.

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A la atenci�n de: (Book Dispensary, 66 Elderbrook Cres., L4K 5M5, Vaughan, Ontario, Canada, +1 416-347-7231)

Por la presente le comunico/comunicamos* que desisto de mi/desistimos de nuestro* contrato de venta del siguiente bien/prestaci�n del siguiente servicio*

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