Sequence alignment is useful for discovering functional, structural and evolutionary information in biological sequences.It is important to obtain the best possible or so called optimal alignment to discover this information. Additionally if two sequences from different organisms are similar, they may have been a common ancestor sequence and sequences are defined as being homologous.Once the MSA has been found, the no. of types of changes in the aligned sequence residues may be used for a phylogenetic analysis.In some cases, the position is so important for function that mutational changes are not observed.

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