R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning
Idioma: inglés
Editorial: Packt Publishing, 2023
- Tapa blanda
- Nuevo
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- Título
- R Bioinformatics Cookbook - Second Edition: Utilize R packages for bioinformatics, genomics, data science, and machine learning
- Autor
- Maclean, Dan
- Editorial
- Packt Publishing
- Año de publicación
- 2023
- Estado
- New
- Encuadernación
- Encuadernación de tapa blanda
- Idioma
- inglés
- ISBN 10
- 1837634270
- ISBN 13
- 9781837634279
- Edición
- 2ª Edición
Discover over 80 recipes for modeling and handling real-life biological data using modern libraries from the R ecosystem
Key Features
- Apply modern R packages to process biological data using real-world examples
- Represent biological data with advanced visualizations and workflows suitable for research and publications
- Solve real-world bioinformatics problems such as transcriptomics, genomics, and phylogenetics
- Purchase of the print or Kindle book includes a free PDF eBook
Book Description
The updated second edition of R Bioinformatics Cookbook takes a recipe-based approach to show you how to conduct practical research and analysis in computational biology with R. You’ll learn how to create a useful and modular R working environment, along with loading, cleaning, and analyzing data using the most up-to-date Bioconductor, ggplot2, and tidyverse tools.
This book will walk you through the Bioconductor tools necessary for you to understand and carry out protocols in RNA-seq and ChIP-seq, phylogenetics, genomics, gene search, gene annotation, statistical analysis, and sequence analysis. As you advance, you'll find out how to use Quarto to create data-rich reports, presentations, and websites, as well as get a clear understanding of how machine learning techniques can be applied in the bioinformatics domain. The concluding chapters will help you develop proficiency in key skills, such as gene annotation analysis and functional programming in purrr and base R. Finally, you'll discover how to use the latest AI tools, including ChatGPT, to generate, edit, and understand R code and draft workflows for complex analyses.
By the end of this book, you'll have gained a solid understanding of the skills and techniques needed to become a bioinformatics specialist and efficiently work with large and complex bioinformatics datasets.
What you will learn
- Set up a working environment for bioinformatics analysis with R
- Import, clean, and organize bioinformatics data using tidyr
- Create publication-quality plots, reports, and presentations using ggplot2 and Quarto
- Analyze RNA-seq, ChIP-seq, genomics, and next-generation genetics with Bioconductor
- Search for genes and proteins by performing phylogenetics and gene annotation
- Apply ML techniques to bioinformatics data using mlr3
- Streamline programmatic work using iterators and functional tools in the base R and purrr packages
- Use ChatGPT to create, annotate, and debug code and workflows
Who This Book Is For
This book is for bioinformaticians, data analysts, researchers, and R developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems by learning via a recipe-based approach. Working knowledge of the R programming language and basic knowledge of bioinformatics are prerequisites.
Table of Contents
- Setting Up Your R Bioinformatics Working Environment
- Loading, Tidying, and Cleaning Data in the tidyverse
- ggplot2 and Extensions for Publication Quality Plots
- Using Quarto to Make Data-Rich Reports, Presentations, and Websites
- Easily Performing Statistical Tests Using Linear Models
- Performing Quantitative RNA-seq
- Finding Genetic Variants with HTS Data
- Searching Gene and Protein Sequences for Domains and Motifs
- Phylogenetic Analysis and Visualization
- Analyzing Gene Annotations
- Machine Learning with mlr3
- Functional Programming in puRRR and base R
- Turbo-Charging Development in R with ChatGPT
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Acerca del autor
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Derecho al desistimiento
Si es un consumidor, puede rescindir el contrato de acuerdo con lo siguiente. Por consumidor se entiende cualquier persona física que actúe con fines ajenos a su actividad comercial, empresarial, oficio o profesión.
Información sobre el derecho de desistimiento
Derecho legal de desistimiento
Tiene derecho a rescindir este contrato en un plazo de 14 días sin dar ningún motivo.
El periodo de desistimiento vencerá a los 14 días desde que usted, o un tercero que no sea el transportista e indicado por usted, adquiera la posesión física del último bien o del último lote o pieza.
Para ejercer el derecho de desistimiento, complete de forma electrónica y envíe una declaración clara en nuestro sitio web, desde "Mis compras" en "Mi cuenta". Le enviaremos sin demora un acuse de recibo de dicho desistimiento a través de un soporte duradero (por ejemplo, por correo electrónico).
Para cumplir con el plazo de desistimiento, basta con que envíe su comunicación relativa al ejercicio del derecho de desistimiento antes de que venza el periodo de desistimiento.
Efectos del desistimiento
Si rescinde este contrato, le reembolsaremos todos los pagos que hayamos recibido de usted, incluidos los gastos de envío (excepto los gastos adicionales que surjan si elige un tipo de envío que no sea el tipo de envío estándar más económico que ofrecemos).
Podemos hacer una deducción del reembolso por la pérdida de valor de cualquier bien suministrado, si la pérdida es el resultado de una manipulación innecesaria por su parte.
Efectuaremos el reembolso sin demoras indebidas y, a más tardar, 14 días después de que se nos informe de su decisión de rescindir este contrato.
Efectuaremos el reembolso utilizando el mismo medio de pago que utilizó para la transacción inicial, a menos que haya acordado expresamente lo contrario; en cualquier caso, no incurrirá en ningún cargo como resultado de dicho reembolso.
Podremos retener el reembolso hasta que hayamos recibido los bienes o hasta que nos haya presentado una prueba de que los ha devuelto, lo que ocurra primero.
Deberá devolver los bienes o entregarlos a GreatBookPrices, Bensenville, Illinois, U.S.A., sin demoras indebidas y, en cualquier caso, en un plazo máximo de 14 días a partir del día en que nos comunique su desistimiento del presente contrato. El plazo se cumple si devuelve la mercancía antes de que venza el periodo de 14 días. Tendrá que asumir los gastos directos de devolución de los bienes. Usted solo es responsable de la disminución del valor de los bienes como resultado de una manipulación distinta a la necesaria para establecer la naturaleza, las características y el funcionamiento de los bienes.
Excepciones al derecho de desistimiento
El derecho de desistimiento no se aplica a lo siguiente:
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