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Sinopsis
Protein structure is complex trajectory in 3D space and it can be abstracted into a polygonal curve. Capturing structural properties from the Cartesian coordinates of thousands of atoms is an important step in performing structural analysis such as similarity detection and defining patterns. The objective of this research is to investigate the potential use of some knot theoretic quantities such as self-linking, R30 invariants and HEO vector for structural Bioinformatics applications. The work presented suggests that self-linking (writhing) can be used to identify a-helices. A revised sliding window approach together with 2 curve simplification methods were employed in the optimal window analysis to capture regions that maximize or minimize self-linking properties in a protein's backbone trajectory. The accuracy of this method is significant although insufficient to be used for domain boundary identification. Most interestingly, the topological properties of adjacent protein domains are significantly larger than for domain that are not adjacent within a gene. This experimental result suggests that proteins tend to evolve contiguous domains with polarized topological properties.
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Reseña del editor
Protein structure is complex trajectory in 3D space and it can be abstracted into a polygonal curve. Capturing structural properties from the Cartesian coordinates of thousands of atoms is an important step in performing structural analysis such as similarity detection and defining patterns. The objective of this research is to investigate the potential use of some knot theoretic quantities such as self-linking, R30 invariants and HEO vector for structural Bioinformatics applications. The work presented suggests that self-linking (writhing) can be used to identify a-helices. A revised sliding window approach together with 2 curve simplification methods were employed in the optimal window analysis to capture regions that maximize or minimize self-linking properties in a protein's backbone trajectory. The accuracy of this method is significant although insufficient to be used for domain boundary identification. Most interestingly, the topological properties of adjacent protein domains are significantly larger than for domain that are not adjacent within a gene. This experimental result suggests that proteins tend to evolve contiguous domains with polarized topological properties.
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Assessment of the Use of Topological Quantities in Structural Bioinformatics
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Assessment of the Use of Topological Quantities in Structural Bioinformatics
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Assessment of the Use of Topological Quantities in Structural Bioinformatics
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Kartoniert / Broschiert. Condición: New. Dieser Artikel ist ein Print on Demand Artikel und wird nach Ihrer Bestellung fuer Sie gedruckt. Autor/Autorin: Lu JiantaoJiantao Lu has received a M.Sc. degree in Educational Technology and a B.Sc. degree in Electronic Engineering in China. He has been working on Bioinformatics as a Ph.D. student in the faculty of computer science at Dalhousi. Nº de ref. del artículo: 4952338
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Assessment of the Use of Topological Quantities in Structural Bioinformatics
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Assessment of the Use of Topological Quantities in Structural Bioinformatics
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Assessment of the Use of Topological Quantities in Structural Bioinformatics
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VDM Verlag, 2008
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